近期，针对苏州高新技术企业认定又发布了新通知，相对2016年高新技术企业认定的通知，主要有以下7点变化：
1、加强了对中介机构在高新技术企业审计资质方面的审核力度：
最新管理办法中明确规定：（1）中介机构要具备独立执业资格，成立三年以上，近三年内无不良记录；（2）承担认定工作当年的注册会计师或税务师人数占职工全年月平均人数的比例不低于30%；（3）全年月平均在职职工人数在20人以上。
该项审核工作由各地区的财政部门负责，财政部门在审核过程中各地区要求也存在一定的差异。江苏省注册会计师协会发布文件（苏会协[2016]11号）明确规定：申请开具有关事务所和个人的惩处情况、收入情况、人员情况等证明时，省市注册会计师协会原则上不再出具相关证明。
2、企业知识产权分类使用和评分：
最新的管理办法中将知识产权进行了分类评分，将发明专利、植物新品种、农作物品种、新药、中药保护品种、集成电路等划归为ⅰ类；实用新型、外观设计、软件著作权等（不含商标）划归为ⅱ类，且ⅱ类知识产权仅限使用一次（部分企业看到这里“泪流满面”）。在知识产权评分中ⅰ类专利评分较高，对下面的科技成果转化的评分也很有帮助，还考察专利技术的先进性，对主要产品（服务）在技术上发挥核心支持作用、数量和获得方式（自主研发获得评分较高）等。
3、企业科技成果转化评分依据有变：
新的管理办法对科技成果转化形式有了新的调整，数量不再是唯一评分依据，重新明确了成果转化形式（具体请参考管理办法）。企业要通过编制成果转化汇总表及成果逐项说明，不但在数量上要满足每年≥5项，还要注重科技成果转化本身的科技创新质量。在此项过程中务必将成果的核心重点呈现，并将之与产品的关联性阐释清楚。
4、企业财务增长情况：
新的工作指引要求在评审中加入财务专家，主要对企业净资产增长率、销售收入增长率进行综合评价和评分，但在高企申报书中明确近三年企业利润总额，在评审过程中，企业是否盈利也会成为评审和得分的一个重要依据，另外财务数据是否与企业纳税一致（专业的财务人员至关重要），该项变化极大影响了企业的评分。
5、取消高新技术企业复审，一律重新认定，提升年度企业状况的审核力度：
最新颁布的《高新技术企业认定管理工作指引》同时废止了《高新技术企业认定管理工作指引》（国科发火〔2008〕362号）和《关于高新技术企业更名和复审等有关事项的通知》。新的管理管理办法中明确：通过认定的高新技术企业，其资格自颁发证书之日起有效期为三年。2016年以后申请的高新技术企业有效期依然为三年，在三年内满足高新技术企业申报要求可享受税收优惠，应每年5月底前在“高新技术企业认定管理工作网”填报上一年度知识产权、科技人员、研发费用、经营收入等年度发展情况报表（新增报表，连续2年不填，直接取消高新技术企业的资格）。
6、税务部门加强对企业财务核算和加计扣除审核：
企业应按照国家财务会计制度要求，对研发支出进行会计处理；同时，对享受加计扣除的研发费用在研发项目立项时应设置研发支出辅助账（部分财务人员的心头之恨），准确归集核算可加计扣除的各项研发费用当年实际发生额，研发支出辅助账及整个证据链凭证由企业留存备查（据小编了解，部分地区抽查率高达20%）。最新的管理办法明确要求企业财务核算清晰，要求有凭有据，重点关注企业研发费用加计扣除情况，其中不乏一些企业缺乏专业性的操作人员或者知道，申报当年草率的规划调整研发项目和经费，造成部分年份未能进行加计扣除，该问题被要求做出合理解释。税务部门除了要求研发费用账内核算规范，还需要企业提供辅助核算明细账作（做了财务小伙伴棒棒哒）为检查依据，还包括研发费用是否达到比例要求、科技人员占比、高新技术产品（技术服务）收入确认等项目审核。
7、企业研发组织管理水平：
新的工作指引将研发组织管理更加务实，强调实质大于形式，以多种激励方式促进企业研发管理规范并把相关工作真正地落到实处。具体如：（1）制定了企业研究开发的组织管理制度，建立了研发投入核算体系，编制了研发费用辅助账；（2）设立了内部科学技术研究开发机构并具备相应的科研条件，与国内外研究开发机构开展多种形式产学研合作；（3）建立了科技成果转化的组织实施与激励奖励制度，建立开放式的创新创业平台；（4）建立了科技人员的培养进修、职工技能培训、优秀人才引进，以及人才绩效评价奖励制度。