企业所得税是一个最常见的税种，是企业经常要面对的，只有全面准确地掌握它，才能有效合理的纳税，以规避涉税风险。很多企业在做研发费用加计扣除和申报高新技术企业时，经常会碰到企业所得税扣除的问题，致使很多新手财务无措。智为小编咨询经验丰富的会计师事务所总结以下企业所得税扣除中会碰到的问题。
一、企业发生的担保损失能否税前扣除?
根据国家税务总局公告〔2011〕25号文第四十四条规定，企业对外提供与本企业生产经营活动有关的担保，因被担保人不能按期偿还债务而承担连带责任，经追索，被担保人无偿还能力，对无法追回的金额，比照国家税务总局公告〔2011〕25号文规定的应收款项损失进行处理。
与本企业生产经营活动有关的担保是指企业对外提供的与本企业应税收入、投资、融资、材料采购、产品销售等生产经营活动相关的担保。
二、企业没有代扣代缴个人所得税发放的工资能否扣除？
根据国税函〔2009〕3号文相关规定，《实施条例》第三十四条所称的“合理工资薪金”，是指企业按照股东大会、董事会、薪酬委员会或相关管理机构制订的工资薪金制度规定实际发放给员工的工资薪金。税务机关在对工资薪金进行合理性确认时，可按以下原则掌握：
1、企业制订了较为规范的员工工资薪金制度；
2、企业所制订的工资薪金制度符合行业及地区水平；
3、企业在一定时期所发放的工资薪金是相对固定的，工资薪金的调整是有序进行的；
4、企业对实际发放的工资薪金，已依法履行了代扣代缴个人所得税义务。
5、有关工资薪金的安排，不以减少或逃避税款为目的；
因此，对于没有代扣代缴个人所得税发放的工资薪金，税务机关可以根据《税收征管法》规定进行处理，税务机关也可以根据工资发放情况进行判别调整。
三、为子公司员工缴纳社保和住房公积金能否税前扣除?
根据《企业所得税法实施条例》第三十四条规定，企业发生的合理的工资、薪金支出，准予扣除。
前款所称工资、薪金，是指企业每一纳税年度支付给在本企业任职或者受雇的员工的所有现金形式或者非现金形式的劳动报酬，包括基本工资、奖金、津贴、补贴、年终加薪、加班工资，以及与员工任职或者受雇有关的其他支出。
根据上述规定，子公司员工不属于“在本企业任职或者受雇的员工”，母公司为期缴纳社保和住房公积金不得税前扣除。
四、单位每年组织员工进行体检，体检费用是否可以在企业所得税税前扣除?
根据《国家税务总局关于企业工资薪金及职工福利费扣除问题的通知》(国税函〔2009〕3号)第三条第(二)款规定：“为职工卫生保健、生活、住房、交通等所发放的各项补贴和非货币性福利，包括企业向职工发放的因公外地就医费用、未实行医疗统筹企业职工医疗费用、职工供养直系亲属医疗补贴、供暖费补贴、职工防暑降温费、职工困难补贴、救济费、职工食堂经费补贴、职工交通补贴等。”
因此，单位每年组织员工进行体检属于此范围之内，可以作为职工福利费在企业所得税税前扣除。
五、公司名下没有汽车，员工个人汽车用于公司，汽车费用是否可以入账扣除（比如油费，发票抬头是公司名称，是否可以认证并记账？）
根据《中华人民共和国企业所得税法》（中华人民共和国主席令第63号）第八条规定，企业实际发生的与取得收入有关的、合理的支出，包括成本、费用、税金、损失和其他支出，准予在计算应纳税所得额时扣除。
承租方按照独立交易原则支付合理的租赁费凭租赁费发票税前扣除外，租赁合同约定的在租赁期间发生的，有承租方负担的且与承租方使用车辆取得收入有关的、合理的费用，包括油费、修理费、过路费、停车费等，凭合法有效凭据税前扣除；与车辆所有权有关的固定费用包括车船税、年检费、保险费等，不论是否由承租方负担均不予税前扣除。
六、因机器检修暂时停产，停产期间发生的固定资产折旧可以税前扣除吗？
根据《中华人民共和国企业所得税法》（中华人民共和国主席令第63号）第十一条规定，在计算应纳税所得额时，企业按照规定计算的固定资产折旧，准予扣除。下列固定资产不得计算折旧扣除：
1、房屋、建筑物以外未投入使用的固定资产；
2、以经营租赁方式租入的固定资产；
3、以融资租赁方式租出的固定资产；
4、已足额提取折旧仍继续使用的固定资产；
5、与经营活动无关的固定资产；
6、单独估价作为固定资产入账的土地；
7、其他不得计算折旧扣除的固定资产。
综上，企业暂时停产期间的机器设备不属于以上情况，按规定提取的固定资产折旧可在税前扣除。
七、企业为退休人员缴纳的补充养老保险、补充医疗保险在企业所得税税前可以扣除吗?
根据《财政部　国家税务总局关于补充养老保险费补充医疗保险费有关企业所得税政策问题的通知》(财税〔2009〕27号)规定：“自2008年1月1日起，企业根据国家有关政策规定，为在本企业任职或者受雇的全体员工支付的补充养老保险费、补充医疗保险费，分别在不超过职工工资总额5%标准内的部分，在计算应纳税所得额时准予扣除;超过的部分，不予扣除。”
因退休人员不属于文件规定的在本企业任职或者受雇的员工，所以企业支付的这部分费用不能在企业所得税前扣除。
八、企业建成的房屋已经开始使用，但是工程款中有些发票还没拿到，是按发票凭证计提折旧还是按合同的金额计提呢？
根据《国家税务总局关于贯彻落实企业所得税法若干税收问题的通知》（国税函〔2010〕79号）规定：
五、关于固定资产投入使用后计税基础确定问题
企业固定资产投入使用后，由于工程款项尚未结清未取得全额发票的，可暂按合同规定的金额计入固定资产计税基础计提折旧，待发票取得后进行调整。但该项调整应在固定资产投入使用后12个月内进行。
九、我公司的工资制度规定对在职员工每月补贴交通费150元，与工资一并发放，请问应作为福利费还是工资薪金支出税前扣除?
根据《国家税务总局关于企业工资薪金和职工福利费等支出税前扣除问题的公告》(国家税务总局公告2015年第34号)规定，列入企业员工工资薪金制度、固定与工资薪金一起发放的福利性补贴，符合《国家税务总局关于企业工资薪金及职工福利费扣除问题的通知》(国税函〔2009〕3号)第一条规定的，可作为企业发生的工资薪金支出，按规定在税前扣除。不能同时符合上述条件的福利性补贴，应作为国税函〔2009〕3号文件第三条规定的职工福利费，按规定计算限额税前扣除。
因此，您公司发放的交通费补贴符合上述条件，应当作为工资薪金支出在税前扣除。
十、企业由于资金困难，无法支付今年的租金，经与出租方协商，约定明年一并支付，那么这笔没有支付的租金能否在所得税前扣除?如何扣除?
《中华人民共和国企业所得税法》(中华人民共和国主席令第63号)规定：“第八条 企业实际发生的与取得收入有关的、合理的支出，包括成本、费用、税金、损失和其他支出，准予在计算应纳税所得额时扣除。”
《中华人民共和国企业所得税法实施条例》(中华人民共和国国务院令第512号)规定：“第九条 企业应纳税所得额的计算，以权责发生制为原则，属于当期的收入和费用，不论款项是否收付，均作为当期的收入和费用;不属于当期的收入和费用，即使款项已经在当期收付，均不作为当期的收入和费用。本条例和国务院财政、税务主管部门另有规定的除外。”
根据《国家税务总局关于企业所得税若干问题的公告》(国家税务总局公告2011年第34号)第六条规定，企业当年度实际发生的相关成本、费用，由于各种原因未能及时取得该成本、费用的有效凭证，企业在预缴季度所得税时，可暂按账面发生金额进行核算;但在汇算清缴时，应补充提供该成本、费用的有效凭证。
根据《国家税务总局关于企业所得税应纳税所得额若干税务处理问题的公告》(国家税务总局公告2012年第15号)第六条规定，对企业发现以前年度实际发生的、按照税收规定应在企业所得税前扣除而未扣除或者少扣除的支出，企业做出专项申报及说明后，准予追补至该项目发生年度计算扣除，但追补确认期限不得超过5年。
因此，如果企业在汇算清缴前取得有效凭证则可以直接在税前扣除，如果汇算清缴结束后才取得有效凭证，则需要按照国家税务总局公告2012年第15号文件的要求，由企业做出专项申报及说明后，准予追补至该项目发生年度计算扣除。
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