企业想要通过高新技术企业认证并不是一件容易的事情。纵观《高新技术企业认定管理工作指引》，申请认定材料主要包括技术和财务两大部分，技术部分是主干，包括核心技术及自主研发能力、产品（或技术）研发规划、人员组织架构，体现出来“高”和“新”，而财务部分主要包括研发投入预算、日常存货收发计量、动力计量、会计核算、税务申报等，所以技术和财务这两个部分是相辅相成，缺一不可。
高新技术企业申报是一个长期、系统的过程。说它是长期工程，因为认定的相关财务数据溯及以往不少于三年（成立不足三年的除外），即使认证通过，每三年还要进行重新认定，企业要做好打持久战的准备。因此企业为顺利通过高新技术企业验收，企业要重点做好以下准备工作：
一、研发组织机构要做到“四独立”
1、部门独立：企业的发展要靠技术或产品的更新换代和持续改进，才能不被市场所淘汰，研发部门在企业的组织结构中的地位不言而喻，所以在企业的层级管理或在组织机构图中，研发部门要单独列示，与其他部门平行，不能作为生产或品管的下级部门。如果企业有小试或中试车间，这些车间应作为研发部门的下级部门来管理。
2、人员独立：研发人员也要独立，每位研发人员要有具体的研发工作，最好不要兼任车间检验员、工艺员等类似岗位，避免相应的职工薪酬分摊问题。
3、研发场所独立；研发场所一定要独立，最好单独办公，并在显眼位置标注“企业研发中心”等字样。
4、研发设备独立：研发设备一般要位于研发场所内，最好在每台研发设备上都有相应的标示牌，指明设备名称、用途等，并与研发设备台账相吻合。如果因试验或工艺原因需要放置在生产车间，更应该标识清楚为研发设备。
二、研发规划要做到“六明确”
研发规划期一般不短于六年，如果企业欲以过去三年的数据申报材料，那么研发规划期最少包含过去三个会计年度、当前会计年度和未来两个会计年度。过去三个会计年度是为申报高新技术企业做准备，当前和未来二个会计年度是为重新认定高新技术企业做准备。研发规划要明确六个方面的内容：
1、研发项目名称明确：
研发规划中的研发项目名称要言简意赅，一般为“a产品（技术）研究开发”、“b产品产业化中试开发”等。研发项目一旦确定，财务部门要根据研发规划在会计科目“研发支出”下增设与研发项目名称一致的二级（或三级）会计科目，如“研发支出—费用化支出——a产品（技术）研究开发”，有几个项目要增加几个二级明细科目。
2、研发目标要明确：
一定要明确研发目的或标准，并且目标要尽量量化和直观，易于观测、检测或计量，一般而言，是否达到研发目标需要企业委托社会独立的检测机构出具检测报告，当然，如果企业的实验室是经过有关部门认定的合格实验室，也可以自己出具检测报告。
3、研发时限要明确：
研发规划中要明确项目研发所需要的时间、进度、节点等，最好用进度图区分研发项目分别标示，以明确何时开始和结束该项目。在研发规划中对研发过程中的节点控制也非常重要，节点控制有助于企业确定继续研发或放弃该项目研发。
4、研发人员要明确：
研发规划中要明确每一个研发项目由那些研发人员参与。如果项目较多而研发人员较少，存在一个研发人员负责多个研发项目的情况，那么要在研发规划中合理安排这部分研发人员的工作时间，比如本月和下月、上半年和下半年等，尽量避免时间交叉，方便财务核算时对相关研发费用的分摊和分配。
5、研发所用设备要明确：
研发规划中要明确每一个研发项目需要那些研发设备，该规划是对研发设备的折旧费用归属问题做出了明确的界定。
6、研发费用预算要明确：
企业进行研发活动必然带来研发费用的增加，研发规划中要明确每个项目的研发费用预算额，以利于企业对研发费用的控制及资金安排，该研发费用预算应经公司董事会或类似权力机构的批准。研发费用至少包括以下范围：
(1)新产品设计费、新工艺规程制定费以及与研发活动直接相关的技术图书资料费、资料翻译费。
(2)从事研发活动直接消耗的材料、燃料和动力费用。
(3)在职直接从事研发活动人员的工资、薪金、奖金、津贴、补贴。
(4)专门用于研发活动的仪器、设备的折旧费或租赁费。
(5)专门用于研发活动的软件、专利权、非专利技术等无形资产的摊销费用。
(6)专门用于中间试验和产品试制的模具、工艺装备开发及制造费。
(7)勘探开发技术的现场试验费。
(8)研发成果的论证、评审、验收费用。
三、财务核算上做到“五区分”
1、研发设备和非研发设备折旧要区分：
在财务核算上，非研发设备的折旧和研发设备折旧要明确区分，非研发设备的折旧一般计入制造费用或期间费用，而研发设备折旧要计入研发支出。
2、研发人员和非研发人员工资要区分：
研发人员和非研发人员的工资、奖金、加班等要在工资表上单张列示，不要和非研发人员统计在一张表上，并且在工资单上列示的研发人员姓名要和研发规划中研发人员名单相一致，从企业缴纳的养老保险等社会保险名单中也能一一找到所有研发人员的缴费记录。
除工资、社保之外的其他应付职工薪酬，确实无法区分的，应采取合理的办法在研发人员和非研发人员之间分摊。实际操作中，如果分摊有难度，最好将这部分支出作为非研发费用处理。
3、研发材料和非研发材料要区分：
区分研发材料和非研发材料是企业在正常营运和财务核算中要注意的重要问题。研发部门领用材料时，领料单上除一般领料单应具备的要素外，尤其要注意以下几个方面：领料部门应为研发部门、领料人应为研发人员、领料用途应标明用于那个研发项目、所领用的原料名称应该是研发预算中已经列示的直接耗用材料的名称。
领料单装订时，研发部门和非研发部门的领料单要单独装订，以便于将来相关部门的复核和查验。
4、研发用动力费用和非研发动力用动力费用要区分：
高新技术企业一般为工业生产型，企业在生产和研发过程中不可避免要用到自来水、电力、天然气、蒸汽等动力费用。为将研发和非研发所用的动力费用准确区分，建议在水、电、气、暖等动力管道通往研发场所的合适部位加装水表、电表等计量装置。
月末动力部门报送动力分配表时，应根据相关的计量装置将研发和非研发所用的动力耗用量统计清楚。
5、其他研发费用和非研发费用要区分：
其他研发费用一般包括专门用于研发活动的设备运行维护、调整、检验、维修等费用、新药研制的临床试验费、研发成果的鉴定费用、与研发活动直接相关的技术图书资料费、资料翻译费、研发成果的论证、评审、验收费用等相关费用。
财务人员应准确把握研发费用的列支范围，既要将研发费用算准、算足，避免遗漏，也要防止将非研发费用充当研发费用。
四、税务申报做到“两注意”
因为高新技术企业直接涉及到税收减免，所以高新技术企业申报资料时就需要企业主管税务机关认可后方可上报。如果企业计划在短期内能顺利通过高新技术企业验收，那么企业至少需要提前两个会计年度做好税收申报工作。
1、注意每年要进行研发费用加计扣除申报工作。
相关税法规定，当期发生的研发费用符合条件的可以在所得税前按150%列支。高新技术企业申报的核心数据就是研发费用比例问题，每年进行研发费用加计扣除申报工作，就是提前让税务局认可研发费用总额。税务机关在对当年研发费用的发生情况进行认定前，一般会到企业实地调查，对不符合条件的研发费用给予剔除调整，企业在这个过程中应该按主管税务机关的要求完善软硬件设施，规范研发费用的列支。
2、注意税务申报系统中所得税汇算清缴数据与企业年度审计报告的一致性。
因各种原因，企业的汇算清缴数据与年度审计报告和账面数据可能不一致，特别是涉及到主营业务收入、主营业务成本、管理费用、利润总额等关键数据，将来报送材料时可能会被要求出具很多说明，甚至会被认为申报材料不真实，所以企业在日常的财务工作要对这些关键数据的一致性要特别留意，避免因小失大。